大部分植物的叶绿体基因组具有典型的四分体结构，即由LSC、SSC以及两个IR区域构成，IR和SSC区域的收缩与扩张是常见的进化事件。通过IRscope工具可以将多个物种叶绿体的区域边界进行可视化对比，从而对该科/属的叶绿体的结构有一个更加宏观的认知。
一、获取工具irscope是一个在线工具，网址为：http://irscope.shinyapps.io/irapp/
但是在线工具很不稳定，会经常会出现进网站很慢，或者运行时总是出错的情况，比如这样
所以宅男深夜性福导航可以利用R语言将irscope本地化，生成本地网站，运行就不会卡了。
二、利用R语言将IRscope本地化所需软件：R及Rstudio，网上有很多详细的安装教程，在此就不赘述了。
可能由于网站更新等缘故，本地化过程稍有不同，此记录为2023年2月进行IRscope本地化的过程。
1.下载IRscope源代码首先进入github：http://github.com/AmiryousefiLab/IRscope
点击code → Download ZIP，即可下载原代码，为方便大家下载，我把获取到的代码压缩包放在这里了→ IRscope-main.zip
下载解压后，目录下有两个文件，IRscopeV0.1.R 是宅男深夜性福导航接下来要用到的文件。
2.使用Rstudio进行IRscope本地化打开Rstudio，点击File→Open File，打开IRscopeV0.1.R文件
如果之前没有安装过随需要的安装包，需要先进行安装，有两种方法：一是Rstudio会自动识别宅男深夜性福导航没有安装的包，直接点击图中的Install，会自动安装；二是使用安装命令自己安装，命令为install.packages("包的名字")，例如install.packages("seqinr")。
如果不知道自己是否安装了对应的安装包，可以将光标置于library+对应安装包处，按ctrl+enter检查是否有该安装包
点击run app，下面开始运行
会出现以下报错信息
在以下几行变量前输入“#”注释掉，第2891行的doog变量，第2902-2903行的pic1和pic2，第2926行的data（具体行数可能稍有偏差，找到正确的变量即可）
运行结束后弹出IRscope界面，就可以开始使用啦~
如果弹出页面是灰色的，点击Open in Browser即可在浏览器中打开
出现IRscope界面就可以使用了
三、irscope的使用以本地化软件为例，展示该软件的使用
点击files upload
上传文件有两种方式。一是输入accession number，IRscope会自动在ncbi上下载对应物种的文件；二是自己直接上传目标物种的gb文件，一次最多上传10个。
第一种方法速度特别慢，总是报错，建议大家直接自行上传gb文件。
ssc选项是可以将ssc区反向，适用于组装时将ssc区方向反了的，一般不选。
点击Browse，上传gb文件
此处使用了文献中的7个杓兰属的物种的gb文件，文献
